協同創新研究院開設了博士課程 – 哲學博士學位（腦與認知科學）， 旨在協助學生掌握計算與神經科學及相關領域的高等跨學科知識，專注於研究感知、認知（ 如神經決策與語言學）、 腦健康和類腦智能等前沿課題。

此外，研究院目前開設了兩個碩士課程—理學碩士學位(數據科學) 和 理學碩士學位（認知神經科學）。這兩個課程均採用跨學科課程設計，融合了多領域的研究成果：數據科學課程聚焦實際應用場景中的關鍵領域，認知神經科學課程則涵蓋認知與腦科學的不同研究方向。